A Universidade Nacional do Nordeste conta com uma extensa história no âmbito da pesquisa científica no nordeste argentino, sendo pioneira em várias áreas temáticas prioritárias para a região, como: a produção agropecuária e florestal, o ambiente e sustentabilidade, o desenvolvimento social, a energia e a saúde.
A UNNE conta com o apoio de 1.200 pesquisadores que realizam 360 projetos de pesquisa e desenvolvimento credenciados nas principais áreas de conhecimento, como: Ciências Biológicas e da Saúde, Básicas, Aplicadas; Sociais e Humanistas. Além disso, um número significativo de projetos é realizado com financiamento compartilhado com outras organizações nacionais.
Além disso, a universidade dispõe de um Sistema de Bolsas de Pesquisa que está entre os mais antigos e com o maior volume em comparação as outras universidades do país. Como parte desse sistema, possui mais de 350 bolsistas de Formação técnica e Pós-Graduação. Para promover um maior acesso dos pesquisadores das UNNE às bolsas disponíveis para financiar atividades de (investigação + desenvolvimento + inovação), a instituição dispõe de programas específicos de Pesquisa Orientada (PICTOS) com a Agência Nacional de Promoção Científica; além de cofinanciar projetos com instituições Nacionais e Internacionais.
Coexistem na UNNE os Institutos de Pesquisa das Faculdades; Institutos dependentes da Reitoria e Institutos da Universidade Nacional do Nordeste e do Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - (CONICET) (Conselho Nacional de Pesquisas Científicas e Técnicas). Eles são:
O Instituto Agrotécnico "Pedro M. Fuentes Godo" foi criado em 1956, com o objetivo de desenvolver programas de extensão rural e pesquisas aplicadas ao âmbito da região nordeste da Argentina.
O Centro de Estudios Sociales (CES) É um centro interdisciplinar de pesquisa, ensino e consultoria criado em 2002. Concentra sua atividade científica no campo das ciências sociais, a fim de gerar um espaço transversal para a reflexão teórica, embora aberto à consideração dos problemas da região e de sua sociedade.
O Instituto de Medicina Regional (IMR) é uma unidade acadêmica e científica dependente da Reitoria da UNNE criada em 1942, que se dedicada ao estudo e promoção da saúde no Nordeste da República Argentina.
O Instituto de Botánica del Nordeste (IBONNE), criado em 1977, possui cinco áreas: Taxonomia, Genética, Fisiologia Vegetal, Citogenética e Evolução, e Anatomia. Além disso, possui um Herbário com 455.000 exemplares e uma biblioteca com sessenta mil volumes, incluindo obras de referência e publicações periódicas.
O Centro de Ecología Aplicada del Litoral (CECOAL) foi criado em 1973 com o objetivo de realizar estudos de base sobre os recursos naturais da região, bem como investigar sobre a estrutura e a funcionalidade dos ecossistemas mais importantes e característicos. Atualmente, o CECOAL é um centro de referência a nível nacional e internacional em questões paleontológicas, ambientais e paleoambientais.
O Instituto de Investigaciones Geohistóricas (IIGHI), criado em 1979, tem como objetivo trabalhar na formação de recursos humanos, extensão e produção de conhecimento científico sobre questões sociais, humanísticas e culturais no NEA. Atualmente, o IIGHI possui seis núcleos e dez linhas de pesquisa.
O Instituto de Modelado e Innovación Tecnológica (IMIT) foi criado em 2008 e tem como um de seus objetivos estabelecer um centro de informática que esteja entre os mais poderosos do NEA. Pretende-se cobrir as necessidades básicas do uso intensivo de computadores para os estudos de tipo preditivo e de modelagem dos grupos de trabalho que o compõem.